Как удалить копию сайта?

Сначала проверьте, не попала ли копия в поиск, набором site:test.mysite.ru в Яндексе и Google, и только после этого удаляйте файлы. Если копию поисковики не видели, всё просто: удаляете папку сайта и его базу данных через панель хостинга или по FTP, поддомен и папка исчезают за одно действие, на основной сайт это никак не влияет, потому что базы и файлы у них разные.

Если же копия обнаружилась в выдаче, порядок обратный. Сначала закрываете ее от индексации: добавляете правило Disallow в robots.txt копии и мета-тег noindex на страницы, а еще лучше ставите на поддомен HTTP-авторизацию с паролем, чтобы робот вообще не мог до него достучаться. Затем ждете, пока поисковик переобойдет страницы и уберет их из индекса сам, обычно это одна-две недели. Только после этого удаляете файлы и базу окончательно.

Если удалить копию раньше, чем поисковик успеет ее переобойти, страницы просто начнут отдавать 404 или ошибку соединения, и выпадут из индекса тем же путем, только дольше и грязнее: пару недель в логах и в панели вебмастера будут висеть предупреждения об ошибках на несуществующем поддомене. Ускорить процесс можно через инструмент «Удаление страниц из поиска» в Яндекс.Вебмастере или «Removals» в Google Search Console, они выкидывают конкретные URL из выдачи за один-два дня, не дожидаясь планового обхода.

На будущее: тестовые копии стоит закрывать от индексации сразу при создании, а не когда обнаружится задним числом, что их проиндексировали. Тогда удаление сводится к одному шагу, стереть файлы, без разбора с поисковой выдачей.